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La conception d'un système d'inférence floue à partir de données d'apprentissage peut être découpée en deux étapes essentielles :
Les partitions comme les règles peuvent ensuite être optimisées, section 4. Le système résultant peut être simplifié, section 5, pour obtenir des règles incomplètes (voir glossaire).
Les programmes d'apprentissage sont disponibles en ligne de commande et sont également interfacés en Java. Le temps d'exécution du programme peut augmenter très rapidement avec la taille du fichier de données (lignes et colonnes). Cela est particulièrement sensible pour les programmes d'optimisation et de simplification. Dans ce cas, il est préférable d'utiliser les versions en ligne de commande, éventuellement en lançant les programmes en arrière plan et en redirigeant les affichages du programme dans un fichier.
Depuis la version 3.4 de Fispro, tous les programmes d'apprentissage disposent, en version ligne de commande, de l'option -wl qui permet un fonctionnement silencieux. Seuls les messages d'erreur restent affichés. Cette option a priorité sur l'option -a.